住宅ローン控除について納得できません！ 住宅購入資金の出し方がいけないのでしょうか？

妻と２人で資金を出し合い住宅購入をしました。共有持分の割合は２分の１ずつです。
住宅ローンを借りたのですが、借入れの名義はすべて私であり、妻は連帯保証人となっています。
後日、住宅ローン控除の件を確認するために税務署まで相談に行きますと、「ローンの名義が夫なのに、住宅の名義は夫婦の共有になっている。これでは住宅購入資金の２分の１の部分が夫から妻への贈与になる」といわれてしまいました。
「住宅ローン控除も夫の持分が２分の１なので半分しか受けられない」という説明でした。
銀行でローンを借りる時に十分に相談しなかったのがいけないのでしょうが、納得がいきません。

登録名義を見直し、変更することが重要です

このケースは連帯保証人と連帯債務者を間違えていると思われます。
たぶん相談者は、借入れをするときに妻と２人で同等に借入れをしたいと考えていたため、住宅の持分も妻と２分の１ずつにしたと思われます。
「連帯債務」は文字通り２人がそれぞれ債務者となる制度です。したがって、夫、妻ともに返済をする義務があります。
一方、夫が支払い不能になったような場合に、夫の代わりに返済をする必要があるのです。したがって、夫が支払えるうちは、債務者とはいいません。
ご質問の誰の借入れなのかという点については、あくまでも夫の借入金であり妻の借入れではないということです。したがって、お金を出していない妻に名義が住宅に半分ついていますから、その分は贈与税の対象になります。また妻は借入金がないので住宅ローン控除を受けることもできません。

では、このようなケースはどのようにしておけばよかったのでしょうか。もし妻に収入があり、返済していくことが問題なくできるのであれば、「連帯債務者」にしておけばよかったということです。
連帯債務の場合には、特に特約がなければ物件の持分に応じて借入金の負担を決めることになっています。今回のケースでは、妻は２分の１の持分を持っていますので、2分の1を妻の借入金として認識できます。妻の住宅ローン控除も受けることができます。
しかし、今から連帯債務に切り替えるということも実務的には困難かもしれません。その場合には、速やかに登記名義を100％夫に変更した方がいいでしょう。